Hola buenas!

¿Se puede añadir una BIP39 Passphrase sobre una semilla creada previamente en una software wallet, o tendría que crearla necesariamente in situ sobre una semilla nueva?

– Se puede, debes tener en consideración que al añadir una passphrase a una semilla estas creando una cartera COMPLETAMENTE diferente, pero teniendo en mente lo anterior, la respuesta es si, se puede.

En caso afirmativo, cómo hacerlo desde una Bitbox2

Por fuerza debes usar la aplicación de Bitbox para habilitar el uso de la passphrase, es uno de los motivos por los que personalmente (y recalco lo de personalmente), prefiero Jade, pero en la web de Bitbox tienes la información de cómo hacerlo:

https://support.bitbox.swiss/en_US/optional-passphrase/how-to-use-a-passphrase

Suerte!